تم افتتاح قسم الجغرافيا والتاريخ في عام 1994م. وكانت الدفعة (17) هي أول دفعة تم قبولها في هذا القسم. وقد شمل هذا القسم دراسة الجغرافيا بفروعها المختلفة منها، الجغرافيا الطبيعية والبشرية بجانب العمل الميداني الريفي، أما التاريخ فقد اشتمل على أقسام كثيرة منها تاريخ السودان القديم والوسيط والحديث كما تضمن دراسة التاريخ الإسلامي، كما تناولت دراسة التاريخ تاريخ أفريقيا وأوربا والعالم العربي والإسلامي إضافة للحضارات والمدنيات القديمة في العالم.